重篤な副作用として報告されているのは、間質性肺炎、肝機能障害、骨髄抑制、重度の下痢、静脈血栓塞栓症。軽度のものも含めると、下痢は9割近くの人に見られる。 なお、術後にベージニオを使用し、それでも再発した時の最適な治療については臨床試験では検討されておらず、今後の課題となる。
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